兩種途徑在商標注冊申請審查方面并無差別。其主要區別是在 提交資料 和 文件送達方式 稍有差別。

在提交的書件方面，自行辦理的，申請人應按規定提交相關書件;委托商標代理機構辦理的，申請人還應提交委托商標代理機構辦理商標注冊事宜的授權委托書。

在文件送達方式方面，申請人自行辦理的，商標局的各種文件是送達當事人;委托商標代理機構辦理的，文件送達商標代理機構。