PCT國際申請包括兩個階段：國際階段與國家階段。

(1)PCT國際階段

從申請人提交PCT申請開始，當然，《巴黎公》的優先權原則同樣適用于PCT申請，因此，申請人可先在本國提交首次申請，并基于首次申請在優先權期限內提交PCT申請。PCT受理局受理PCT申請后，在優先權日(若未要求優先權則為申請日)起16個月內國際檢索單位將制作國際檢索報和書面意見，在優先權日起18個月內將由國際局公布國際申請及其檢索報告。自優先權日起22個月內申請人有兩個可選的程序：請求進行補充國際檢索和提出國際初步審查要求，如果請求補充國際檢索，自優先權日起28個月內區別于制作國際檢索報告的其他國際檢索單位將形成補充國際檢索報告，如果申請人提出國際初步審查要求，國際初審單位將形成國際初步審查報告。

(2)PCT國家階段

國際階段結束后，申請人還需要按照各國國家局要求提交翻譯文本、繳納費用、指定代理人等工作后，該申請才進入相應國家的國家階段，該申請將被按照相應國家的法律進行審查。

國內企業提交PCT申請時，可按如下程序進行：

(1)向中國國家知識產權局提交國內申請，以此作為優先權基礎向中國局或國際局提交PCT申請(或者僅請求中國國家知識產權局進行保密審查，向國際局提交PCT請);

(2)準備翻譯文本等申請文件，進入希望獲得保護的國家的國家階段;

(3)按照目標國家的程序繼續審批程序。